Belanghebbende (Stichting X) is een door de NWO aangewezen onderzoeksorganisatie. Zij verricht grensverleggend (internationaal) onderzoek. Een deel van het onderzoek wordt op eigen initiatief gestart (strategisch onderzoek) en een deel wordt gestart op initiatief van derden (contract onderzoek). Het strategisch onderzoek wordt voornamelijk gefinancierd uit subsidiebijdragen en het contractonderzoek uit de daarvoor ontvangen vergoedingen. Het contractonderzoek vormt een belastbare activiteit voor de btw en het strategisch onderzoek niet. Belanghebbende stelt echter dat alle aan haar in rekening gebrachte btw aftrekbaar is, omdat zij met haar gehele organisatie een onderneming drijft. Rechtbank Breda verklaart belanghebbendes beroep ongegrond. Hof 's-Hertogenbosch oordeelt dat in beginsel geen recht op aftrek van voorbelasting bestaat voor het strategisch onderzoek, omdat hier geen vergoeding tegenover staat. Verder bestaat er volgens het hof ook geen rechtstreekse en onmiddellijke samenhang tussen het strategisch onderzoek en de gehele bedrijfsactiviteit van belanghebbende. Het hof overweegt daarbij dat in het geheel niet is gebleken dat de kosten van het strategisch onderzoek deel uitmaken van de prijs van het contractonderzoek. Het hof bevestigt de uitspraak van de rechtbank.
De Hoge Raad oordeelt dat het strategisch onderzoek en het contractonderzoek onderling niet zodanig van elkaar afhankelijk zijn dat zij als één geheel moeten worden beschouwd. Volgens de Hoge Raad is er dan ook geen sprake van een rechtstreekse en onmiddellijke samenhang tussen de afgenomen goederen of diensten en de belaste handelingen. De Hoge Raad verwijst hierbij naar de jurisprudentie van het HvJ EU. De Hoge Raad overweegt verder nog dat ten aanzien van het strategisch onderzoek sprake is van zelfstandige handelingen die belanghebbende naast de belaste handelingen verricht ter verwezenlijking van haar statutaire doel zonder dat daartegenover een vergoeding staat. De Hoge Raad bevestigt de uitspraak van het hof.